Vištyčio miestelis pradėjo kurtis XVI a. pabaigoje. 1570 m. kunigaikštis Žygimantas Augustas suteikė Vištyčiui Magdeburgo miesto teises, pagal kurias Vištytyje turėjo būti įsteigta mokykla. Kaip ta mokykla veikė, nėra išlikę žinių. Žinoma tik tiek, kad 1781 m. joje mokėsi 8 miestiečių vaikai, o 1784 m. – 10 miestiečių, 2 valstiečių ir 2 bajorų vaikai.

Cariniais laikais Vištytyje veikė tik pradinė mokykla (1900-1914 m.), kurioje buvo mokoma rusų ir vokiečių kalbomis. Vokiečių mokykloje dirbo mokytojas Vymeris, lietuvių – mokytojas Barniškis. Abi mokyklos buvo viename pastate.

1912 – 1913 m. Vištytyje veikė ir žydų mokykla, kurioje mokėsi apie 50-60 vaikų. Neturtingų valstiečių vaikai į mokyklą ateidavo tik žiemai prasidėjus, nes rudenį reikėjo uždarbiauti, ganyti gyvulius.

Pirmojo pasaulinio karo metais, vokiečiams okupavus Lietuvą, kurį laiką mokyklos neveikė. Nuo 1915 m. vėl buvo atidaryta mokykla, kurioje mokoma tik vokiečių kalba.

1918-1919 m. mokykla dirbo labai nepastoviai.

1921 m. Vištytyje buvo atidaryta 4 klasių progimnazija. Jos įsteigėjas ir direktorius buvo Kazys Černius. Be jo buvo dar 8 mokytojai. Mokykloje mokėsi mokiniai iš Vištyčio ir aplinkinių gyvenviečių. Daugiausia mokėsi lietuvių ūkininkų vaikai, dar žydų prekybininkų, lenkų ūkininkų.

1927 m. progimnazija buvo uždaryta, liko tik pradinė mokykla, kuri veikė iki 1939 m. Dėstoma lietuvių ir rusų kalbomis. Buvo vokiečių pradžios mokykla, patalpinta tame pačiame pastate. Tuo metu keturklasė buvo privaloma. Daug vaikų piemenavo, ateidavo mokytis nuo lapkričio 1 dienos.

Vėliau mokykla buvo perorganizuota į 5 klasių, dar vėliau į šešiaklasę mokyklą. Vienu metu jai vadovavo mokytojas Račilas – vėliau tapęs Lietuvos armijos karininku.

Vos praūžus karo audrai, 1945 m. vasario 20 d. Vištytyje buvo organizuota pradinė mokykla. 1945 m. joje jau mokėsi 45 mokiniai. Mokyklos vedėju buvo mokytojas Česlovas Vyzas. 1953 m. mokykla persikėlė į buvusią pasienio komendantūrą. Ten buvo ir keletas progimnazijos klasių. Progimnazijoje buvo 3 klasės. Mokėsi 126 mokiniai, dirbo 5 mokytojai.

1949 – 1950 m. m . progimnazija pertvarkyta į septynmetę mokyklą, o nuo 1954 – 1955 m. m. pradėjo peraugti į vidurinę. 1958 m. pavasarį baigė pirmoji abiturientų laida ( 14 mokinių).

1970 m. spalio 31 d. buvo atidarytas naujas mokyklos priestatas.

Pirmoje Vištyčio vidurinėje mokykloje mokėsi 200 mokinių ir buvo 11 klasių. Tuo metu mokykloje veikė įvairūs būreliai, kuriems vadovavo nuostabūs mokytojai. Mokytojas S. Rugienius buvo subūręs net du chorus - spaliukų ir mergaičių chorą. Ilgus metus jis vadovavo dar ir pučiamųjų  instrumentų orkestrui (nuo1964 iki 1977 metų). S. Rugieniaus vadovaujamas orkestras skynė laurus jaunimo festivaliuose, rajoninėse dainų šventėse. Jaunuolių šokių kolektyvui ilgus metus vadovavo mokytoja A. Zdanavičienė. Jos paruošti kolektyvai keturis kartus dalyvavo Respublikinėse dainų šventėse. Be minėtų būrelių dar veikė sporto, gamtininkų ir kiti būreliai. Laikas skubėjo. Mokykla keitėsi, augo ir klestėjo. Kūrėsi nauji būreliai ir kolektyvai, mokiniai vis labiau garsino savo mokyklą ne tik žiniomis, bet ir savo kultūrine veikla. O kad praeitis liktų gyva ir įamžinta, 1995 metais mokykloje įkuriamas mokyklos muziejus, kuriame kaupiama kraštotyrinė medžiaga, surinkta kraštotyrininkų - mokinių ir mokytojų, vadovaujant ilgametei kraštotyrininkei Birutei Mardosaitei. Muziejus nuolat gausėja, turtėja naujais eksponatais, nauja kraštotyrine medžiaga, o lankytojus pritraukia naujomis parodomis, ekspozicijomis.